五十七學年度為配合實施九年國民教育，本校再度奉令改制，更名「台灣省立曾文高級中學」。五年制農科停招新生，增設高工部機工、電工兩科，並接辦原「台南縣立曾文中學高級部」。至此本校遂成為含有高中、高農、高工三部之多教育目標綜合高級中學。

    五十九學年度以後，工科再增電子設備修護、機械製圖及化工等三科，與早期設立之機工、電工兩科共五科。自六十五學年以迄於七十二學年度，全校班數均為三十六班無增減，七十四學年度起高中部停止招生，增加化工科一班。自七十六學年度起改制為台灣省立曾文高級農工， 。

    九十年二月一日王增築校長接接掌本校，以一、五育並重，適性發展。二、推動社會教育，學校社區雙贏。三、溫和漸進，適才適所。四、研究創新，著重績效 的辦學理念積極轉型為綜合高中，化工科、食品科、電機科、電子科、機械科等五科各減一班，並成立化工科、食品科、電機科、電子科、機械科等五科之學程，所以化工科現有職業科3班與綜高化工學程2班。

    九十四年二月，林淑娥校長接任，林校長辦學經驗豐富，到任後積極營造健康、和諧的校園，加強生活教；提高升學率與證照通過率。並爭取經費，興建教學大樓，帶動本校另一番新氣象 ，科務方面在郭瑞憲主任領導下化工科科務相當順暢，郭瑞憲主任亦於九十七年榮退，由蔡政憲老師接任，推動畢業校友回校演講，以及學生校外參觀等，並積極與各大專院校建立策略聯盟關係，並與嘉南藥理科技大學醫藥化學系建立化學工業概論與預修課程。

 
        民國100年9月徐文法校長接任，科務方面王紳綻老師於101年8月接任主任一職，延續現有科務運作方式外，主導承接規劃教育部優質計畫及優質精進計畫，創造化工科特色課程、購買硬體設備，並建立化粧品學概論、生技化妝品實習課程，推廣化工科除傳統化工，積極延伸往生化科技、化妝品、造紙、廢棄物高價值運用多方向發展，建立生物科技化粧品研發實驗室及師生專題討論休憩區，規劃綠色產業室，並與國私立科技大學設備儀器共享，輔以技術合作指導學生專題、科展、創意發明及相關學術論文研究。建立與業界達人進行相關技能交流和台南市環保局相關政府單位的綠色產業推廣教學，提供學生除了知識外之多元應用經驗學習。並與嘉南藥理科技大學環境工程與科學系建立工業安全與衛生預修課程。